白内障专业是济南市临床精品专科，关注中老年白内障的普查、普治和“年轻态”视觉的康复，白内障手术量连续多年位居全国前列。每年实施白内障手术15000多例，已有十几万例的手术经验，其中四项相关科研课题，经过专家鉴定达国内领先水平，并获济南市科技进步奖。课题“飞秒激光辅助的白内障手术临床疗效分析”及“衍射与区域折射型多焦点人工晶状体的临床应用对比研究”获得济南市卫计委科研立项，其中“飞秒激光辅助的白内障手术临床疗效分析”获得第十五届济南市优秀自然科学学术成果二等奖。

眼底病科是我院重点专科，年收住院病人3000余人次，每年开展各类眼科大手术2600余例。我院在各种眼底病的临床诊疗与科研方面做了大量的工作，是山东省内率先开展20G、23G、25G微创玻璃体切割手术、吊顶灯下双手剥膜治疗复杂眼底病的医院之一，是山东省内熟练开展在间接眼底镜下行视网膜脱离扣带术的医院之一，是全国少数几个掌握视网膜切开并色素上皮移植手术治疗老年性黄斑变性引起的眼内出血的医院之一，是全国开展折叠式人工玻璃体球囊手术较早、较多的医院。

斜视与小儿眼科是我院的重点专科，是济南儿童眼病医院、章丘区儿童青少年近视防控中心。承担儿童眼病、斜弱视的诊治、承担着章丘区中小学生近视综合防治社会公益项目、负责全区内眼科医生及社区、乡镇、学校基层医生眼视光学技术培训。为青少年视力低下、视功能异常、老视和低视力群体提供与国际接轨的个性化医学视光诊断、矫治、保健、康复等高水平服务。

全国角膜移植质量控制联盟成员。对各种类型干眼症、翼状餐肉、角结膜肿物、溢泪、复杂感染性、非感染性角膜炎、角膜变性、眼部烧烫伤、睑球粘连、大泡性角膜病变、泪道疾病的诊疗及手术方面有丰富的临床经验。角膜移植手术可开展板层角膜移植术、穿透性角膜移植术、角膜内皮移植术、角膜干细胞移植术、角膜移植联合白内障手术、角膜移植联合玻璃体切割术，是山东省内较早开展角膜移植的医院，也是省内开展角膜内皮移植技术的医院。在新鲜及陈旧性眼部化学伤及烧伤的治疗中，成功开展羊膜移植、唇黏膜移植及眼睑重建手术。

青光眼白内障学组在山东省内开展了飞秒激光辅助的白内障手术、传统超声乳化术及各种类型的人工晶状体植入术，其中三焦点、多焦点、散光矫正等高端人工晶状体植入术，使视觉质量走向完美。拥有各类先进的青光眼诊疗设备，对于急性闭角型青光眼、慢性闭角型青光眼、开角型青光眼及新生血管性青光眼、恶性青光眼、晶体相关性青光眼等难治性青光眼的诊断和治疗方面具有丰富的经验。

眼外伤、眼眶病学组负责全院的眼外伤与眼眶专业的诊断和治疗工作，整合全院各专业之优势，打造从前到后眼外伤的全眼修复。开展的手术有：复杂眼睑裂伤缝合及整形术、泪小管吻合术、深层异物取出术、角膜巩膜缝合术、外伤性白内障摘除及人工晶体植入术、睫状体复位术、微创玻璃体切割术、鼻内镜下眼眶壁骨折修复术、人工折叠玻璃体球囊植入术等。同时，该学组对各类眼眶病的诊疗经验也非常丰富，开展眼眶内肿物切除术等。对甲状腺相关眼病能够给予系统治疗并开展眼眶骨性减压术。

中医科擅长运用中医特色疗法(中药、针灸按摩、雷火灸、穴位注射等)治疗麦粒肿、霰粒肿、麻痹性上睑下垂、眼外肌麻痹(重影)、重度干眼症、眼睑痉挛、缺血性视神经病变、视神经炎、视神经挫伤、视神经萎缩、糖尿病视网膜病变、中心性浆液性视网膜病变、视网膜色素变性、青光眼性视野缺损、眶上神经痛、带状疱疹性周围神经痛等神经功能异常性疾病。

济南明水眼科医院耳鼻喉科成立于2011年，是基于鼻内镜鼻眼相关外科技术创建的临床拓展专业科室，随后挂牌成立章丘区耳鼻喉医院。为促进专业发展，医院引进全套高端进口诊疗设备，全力打造在区域行业内具有明显领先优势的耳鼻喉科诊疗平台。科室以内镜微创技术为依托，成功开展了鼻内镜下鼻腔泪囊吻合术、眶壁骨折整复术、视神经减压术等鼻眼相关手术，以及鼻内镜下鼻腔鼻窦手术、耳显微、耳内镜下耳科手术、内镜下扁桃体、腺样体低温等离子手术、支撑喉镜手术等系列耳鼻喉微创手术。